Após terem vestígios de rastros da guerra em Naboo, os Gungans chamam Padmé Amidala, C-3PO e Jar Jar Binks para investigar isso. Foi encontrado uma mensagem do Dr. Nuvo Vindi, que agora quer matar todos na galáxia com uma nova epidemia do Vírus da Sombra Azul disseminado pelo ar. Anakin Skywalker, Ahsoka Tano e Obi-Wan Kenobi são chamados para resgatar Padmé e impedir a disseminação do vírus.