O ano é 2029. Num mundo dominado pelos computadores e pela tecnologia cibernética, a complexa rede de informação possibilita o desenvolvimento de um novo tipo de criminalidade. Motoko Kusanagi, conhecida como Major, é uma agente especial ciborgue com a força e habilidade de uma máquina, responsável por comandar a Section 9, um esquadrão de elite especializado em combater todos os tipos de crimes cibernéticos. Mas quando Major se depara com uma nova forma de terrorismo que ameaça controlar as mentes humanas, vê-se a colocar em causa a sua própria existência.