Nos laboratórios estéreis de Kamino, o soldado clone doente Tup e seu amigo o soldado ARC Fives são colocados em quarentena para exame após o assassinato chocante de um Mestre Jedi. Com a ajuda da dróide médica AZI-3, Fives está determinado a chegar ao fundo da condição de Tup e descobre um segredo enterrado profundamente dentro do programa de clonagem da República.