Quando um cientista morre, McKay acredita que a causa foi um problema técnico. Porém, quando outro cientista é morto, McKay começa a suspeitar de sabotagem. McKay descobre um vírus wraith que está invadindo rapidamente os controles e deixa a tripulação cada vez mais impotente. A equipe luta contra o tempo para tentar impedir que sua nave se volte contra eles mesmos.